講演会&セミナー　2022年度

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セミナー記録

2022年 10月 5日 (水）14時-16時50分 　戦略研究センター・グリーンバイオサイエンス研究領域キックオフシンポジウム 「持続可能な社会・環境を支援するグリーンバイオ技術」

2022年 9月 27日 (火）17時-18時 　オンラインセミナー

演者：Prof. Ling Yuan（Department of Plant and Soil Sciences, University of Kentucky）
題目：Why Many Medicinal Plants Produce Only Small Amounts of Pharmaceutically Active Compounds?

Plants produce a vast array of bioactive specialized metabolites in response to various biotic and abiotic stresses. Many of these metabolites are used by humans as medicines. Biosynthesis of specialized metabolites is primarily regulated at the transcriptional level. Higher accumulation of these metabolites is energy intensive and may cause toxicity to plant cells, as to pathogens and cancer cells. Plants have evolved sophisticated mechanisms with which to mediate growth–defense tradeoffs. These mechanisms allow the production of specialized metabolites for rapid, transitory responses to predator attacks or other stresses. The defense metabolism requires spatiotemporal regulation in response to stresses and to prevent hyperactivation that leads to metabolic imbalance. Concerted transcriptional control of specialized metabolism through the simultaneous modulation of activators and repressors results in the buffered and spatiotemporally control of plant defense metabolism.

2022年 9月 8日 (木) 16時-17時30分　分子生物学科・戦略研究センター・グリーンバイオサイエンス研究領域 共催 (オンライン)

演者：尾崎 遼 准教授（筑波大・医学医療系）
題目：細胞生物学と研究自動化のための バイオインフォマティクス

発表者はこれまで１細胞RNA-seqデータ解析技術の開発と応用に従事してきた。特に、従来の遺伝子発現行列の解析で はscRNA-seqデータに含まれる貴重な情報が見逃されているという観点から研究を進めてきた。 具体的には、(1)遺伝子アノテーションに含まれていない エンハンサーRNAの１細胞解析、また、(2) RNAプロセシン グ現象も反映するリードカバレッジの１細胞解析、(3) １細胞RNA-seqを大量のバルクRNA-seqと効果的に組み合わせ膵管腺癌予後細胞間相互作用の探索、などがある。加えて、１ 細胞空間トランスクリプトームデータから、特に同一細胞型 の細胞間で不均一性を生じうる細胞間相互作用を抽出する手法を開発し、大脳皮質および大腸のデータに適用して興味深い結果を得ている。さらに、１細胞RNA-seqデータのQC （Quality control）の自動化技術も開発してきた。本講演ではこれまで発表者が実施してきた情報解析技術の開発や応用について紹介する。

参考文献
T Hayashi, H Ozaki, et al., Single-cell full-length total RNA sequencing uncovers dynamics of recursive splicing and enhancer RNAs. Nature Communications, 9, 1, 619 (2018)
H Ozaki et al., Millefy: visualizing cell-to-cell heterogeneity in read coverage of single-cell RNA sequencing datasets. BMC Genomics, 21, 1, 177 (2020)
S R Suzuki, et al., Cell-to-cell interaction analysis of prognostic ligand-receptor pairs in human pancreatic ductal adenocarcinoma. Biochemistry and biophysics reports, 28, 101126 (2021)
T Tsuchiya and H Ozaki. "CCPLS reveals cell-type-specific spatial dependence of transcriptomes in single cells." bioRxiv (2022)

2022年 ９月 2日 (金) 13時-　分子生物学科セミナー (オンライン)

演者：山下哲 准教授（東工大・理工研究域）
題目：植物特化代謝酵素群の生化学と構造化学 -天然ゴムとフラボノイドを中心に-

植物特化代謝産物は，植物の二次代謝物と総称されてきたが，近年，植物の生存・生殖における戦略物質として作用し，さらにその生理的役割や構造が植物種によって特殊化されていると認識されるようになっている．我々はイソプレノイド の一種である天然ゴムの生合成機構解明に取り組み，脂質膜と関連したタンパク質複合体による酵素系の研究を行っている．また，フラボノイド系では，メタボロンと呼ばれる多酵素複合体が膜タンパク質を足場として形成されることをダイズなどで明らかにしてきた．本セミナーでは，これらの研究の進捗と多元的な構造解析の取り組みについて紹介させていただきたい．

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